A Csillagflotta kapitánya, Deep Space Nine parancsnoka. Joseph Sisko fia, Jake Sisko apja. Felesége, Jennifer Sisko, a borg támadás idején vesztette életét. Kezdetben nem akarta elfogadni DS9 parancsnoki pizícióját, vissza akart térni a Mars orbitális pályáin lakórészlegeket építeni. Kai Opaka és Jean-Luc Picard hatására fogadta el áthelyezését. (Emissary) Találkozott a féreglyukban élő misztikus lényekkel, akiknek fontos szerepe volt döntésében.

Tanúja volt Kai Opaka halálának amikor a kai Gamma-kvadránsba repült. Bajor vallási vezetőjének halála számára is nagy csapás volt, hiszen Opaka volt az, aki felismerte Siskóban a próféták küldöttjét és a bajori vallás tanulmányozására ösztönözte. (Battle Lines)

A bajori polgárháború idején, amikor a helyi milícia átvette az állomás irányítását, Sisko és társai az állomást védték Jaro emberei ellen. (The Siege) Később beleszeretett egy titokzatos nőbe, aki azonban csak egy hologramnak bizonyult. (Second Sight)

Egy küldetés alkalmával Sisko és O'Brien megrekedt egy bolygón, ahol egy föderációs egység zuhant le 10 évvel korábban. Mivel nem volt hajlandó behódolni a csoport vezetőjének és elfogadni filozófiáját, embertelen körülmények között tartották foglyul. (Paradise)

Gul Dukatot ő szabadította ki a Maquis fogdágából. Akciójuk során szembekerült régi barátjával, Cak Hudsonnal, akit végül futni hagyott. (The Maquis 1-2) Röviddel a Maquis-kaland után Benjamin és Jake Sisko, valamint Quark és Nog a Gamma-kvadránsba repült, hogy egy kicsit kikapcsolódjanak. Quark és a parancsnok jem'hadar fogságba esett, egy kétszínű vorta segítségével sikerült megszökniük, akinek az volt a célja, hogy felmérje a Föderáció erőit. (The Jem'hadar)

A dominion támadására való készülés idején a parancsnokot visszahívták a földre, hogy számoljon be a Gamma-kvadráns alkóiról szerzett ismeretiről. DS9-re a U.S.S. Defiant fedélzetén tért vissza. Hogy megtudja, mire készülnek a gamma-kvadráns urai, átrepült legénységével a féreglyukon. Röviddel ezután hajóját támadás érte. Míg Odo kiderítette, hogy népe irányítja a kvadráns életét, addig Siskon és társain a dominion képviselői végeztek kisérletet. (The Search)

Újra együtt kellet működnie Gul Dukattal, amikor Tom Riker elrabolta a Defiantet és maquis társaival a kardassziai határ felé vették útjukat. (The Defiant)

Egy újabb földi konferenciára akart transzportálni Sisko, Dax és Bashir, amikor egy kisebb baleset következtében a 21. században értek földet. Sisko és Bashir a munkanélküliek gettójába került, ahol a parancsnok kénytelen volt felvenni egy miatta meggyilkolt férfi személyazonosságát, mivel nem akarta befolyásolni a történelem menetét. A parancsnok a jobb életkörülményeket és munkahelyeket követelők élére állt, követelések teljesítése után visszatért a jövőbe. (Past Tense)

Korábban ellenezte fia és a ferengi Nog barátságát, de később ő lett az, aki segített a fiatalembernek bekerülni az Akadémiára. (Heart of Stone)

Egy időben Sisko parancsnok megszállottként vetette bele magát a bajori történelembe. Talált egy régi tervrajzot, aminek segítségével felépítette azt a bajori 'vitorlást', amivel Bajor űrhajósai évszázadokkal az ember előtt már az űrt járták. Bebizonyította Dukatnak, hogy az általa alsóbbrendű fajnak hitt bajoriak évszázadokkal a kardassziaiak előtt már az űrt járták. (Explorers)

A frissen előléptetett Sisko kapitány és legénységének meg kellett állítania a Defiant fedélzetén elszabadult alakváltót.

(The Advesary) A khitomeri egyezmény gyengülése idején az állomáshoz érkező klingon flotta szándékainak kiderítésével Sisko kapitány Worfot bízza meg. Siskoék feladata lett Gowron megállítása. (Way of the Warrior)

Jake Sisko 18 éves volt, amikor édesapja a Defiant fedélzetén életét vesztette. Halála után egy évvel Sisko kapitány azonban visszatért az állomásra- de csak néhány percre, hogy ezután évekig ne bukkanjon fel. Dax és O'Brien jött rá, hogy Sisko kikerült a mi tér-idő kontinuumunkból. Jake- nek kellett megtalálnia a módot apja visszahozására. Írói ambiciói feladása árán Jake remek tudós lett, végül megtalálta az utat apja megmentésére. Az idős Jake életének utolsó pillanata apja életének folytatását jelentette, Benjamin Sisko ki tudta kerülni nemezisét. (The Visitor)

Sisko kapitány tárgyalásokat kezdett a dominion kisebb népeivel, de az üzletkötést megzavarta a jem' hadar támadása. Amikor a Defiant a kereskedők segítségére indult egy közeli bolygó atmoszférájába, a jem' hadar hajók lecsaptak rájuk és súlyos csapást mértek a Defiantre. A támadás során Sisko kapitány életveszélyes állapotba került, Kira őrnagy tartotta benne a lelket. (Starship Down)

Amikor már minden jel arra utalt, hogy a dominion a Föld elfoglalására készül, Odo és Sisko kapitány a Földre utazott, hogy felkészüljenek a támadásra. Az előkészületek során megdöbbenve tapasztalták, hogy a Csillagflotta vezetősége át akarta venni a Föderáció irányítását. A kapitányt lecsukták, mivel ellenezte egy szakadár admirális terveit, de Odo segítségével sikerült még isőben megállítani a puccsot, ami a Föderáció bukását okozhatta volna. (Home Front, Paradise Lost)

A dominion inváziót egyelőre sikerült elhárítani, de Siskoónak újabb riválissal kellett szembenéznie: a féreglyukon át megérkezett egy századokkal korábban eltűnt bajori, aki azt állította, ő a próféták küldöttje, nem Sisko. (Accession) A helyzetet sikerült rendezni, de a kapitány továbbra sem pihenhetett. Fiát elcsábította egy idősebb asszony, aki Jake energiáját akarta leszívni. (The Muse)

Később az állomásra érkező ipari replikátorok felkeltették a Maquis érdeklődését is. Sisko kapitány számított is a renegát csapat támadására, arra azonban nem, hogy mialatt ő gyanúsan viselkedő Kassidy Yates-et követi, addig egy lojálisnak hitt tisztje, Eddington, ellopja a gépeket. (For the Cause)

A replikátorok elvesztek és a Föderációnak egy sokkal nagyobb problémával kellett legközelebb megküzdenie. A Defiant legénységének egy renegát jem'hadar csapat után kellett mennei és egy jem'hadar osztaggal együtt harcolva meg kellett állítaniuk a iconia-kapu javításával foglaltoskodókat. Sisko tudta, ha a renegát csapat terve sikerül, akkor bárhol lecsaphatnának a galaxisban. (To the Death)

Egy ponton összefutottak a klingon és a dominion intrika szálai: Sisko és három társa Kronosra utazott, hogy leleplezze a Gowront helyettesítő alakváltót. A bolygón kiderült, hogy nem a klingon nagytanács fejét cserélték ki a dominion urai, Martok ezredest. (Apocalyrse Rising)

Sisko és társai egy küldetés során egy távoli bolygó felszínén maradnak, hajójukat szétlötte a jem'hadar. Sisko kapitány tárgyalásokat kezd az odaérkező vortával, tudja, hogy olyasmi van a fedélzeten, ami nagyon kell a dominionnak. Végül a ronccsal együtt távoznak - Sisko értékes szerzeménnyel bővítette a Föderáció hajóparkját. (The Ship)

Amikor az idő orbja (bajori szent kehely) segítségével egy klingon visszautazott az időben, hogy megváltoztassa jelenét, Sisko és társai is kénytelenek voltak egy rövid utat tenni a 23. századba. Miután megakadályozták a K-9-es állomás elpusztítását és megmentették a gyanútlan Kirk kapitány életét, Sisko a hídon tett jelentést az élő legendának. (Trials and Tribble-ations)

Sisko, Garak, Dax és Odo épp bajorről utazott vissza az állomásra, amikor plazmaviharba kerültek. Végül a megszállás idején landoltak, és Quarknál vállaltak munkát... Kiderült, hogy mindannyian Odo egy gondolatának 'rabjai' lettek, egyfajta kapcsolatba léptek az alakváltó agyával a vihar hatására. (Things Past)

Az állomáson keresztül jut el Bajorre az ősi szent épületek tervrajzai és a bajori történelemért rajongó Sisko kapitány tanulmányozni kezdte az elveszett város, Ba'hala felépítését. Azt remélte, hogy a jóslatot beteljesítve ő lesz az, aki megtalálja a várost. A tervek tanulmányozása közben baleset érte, látnoki képességekre tett szert, melyet elveszett Bashir doktor műtétje után. (The Rapture)

Újból feltűnt Eddington, a maquis-vezér. A kapitány, aki azóta sem tudta elfelejteni a férfi árulását, most Eddington nyomába szegődött és ha nagy árat is kellett fizetnie az egykori tiszt elfogásáért is, gondoskodott arról, hogy az egy föderációs büntetőtelepre kerüljön. (For the Uniform) Pár héttel később kihozatta a férfit, hogy a segítségével járjon utána egy ügynek. (Blaze of Glory)

A növekvő dominion fenyegetés idején szinte állandó kapcsolatban állt Weyounnal, a dominion föderációs nagykövetével és Bajor vallási vezetőjével, kai Opakával. Az előbbivel a lehetséges békés megoldásokról, utóbbival Bajor semlegességének megőrzéséről tárgyalt. (In the Cards)

Valamivel később világossá vált Sisko számára, hogy nem engedheti meg, hogy a féreglyukon keresztül jem'hadar egységet tízezreit halmozzák fel Kardasszián: felállítatta a wormhole száját védő aknamezőt. Ezt követően az állomást elfoglalta a dominon flottája, de az aknamező fennmaradt. (Call to Arms)

Áthelyezték a 375-ös csillagbázisra, majd annak a jem'hadar hajónak a parancsnokságával bízták meg, amit egy évvel korábban ő és társai szereztek meg. Irányítása alatt megsemmisítették a dominion legnagyobb 'fehér' raktárát, majd Martok segítségével visszatértek a csillagbázisra. (Rocks and Shouls, Sons and Daughters)

Jake egy ügyesen közvetített üzenetének köszönhetően megtudta, hogy a dominiont napok választják el az aknamező lebontásától, Sisko megtervezte és végrehajtatta DS9 visszvételét - ahogy azt megígérte embereinek. Ezzel a tettével egy hordó vérbort nyert Martoktól.

Elsőtisztjével - a kezdeti nehézségeket legyőzve - hatékony munkakapcsolatot alakítottak ki. Az állomás tudományos tisztje, Jadzia Dax legjobb barátja lett; a szimbióta előző hordozója, Curzon, a mentora volt.

Romantikus szálak fűzik Kassidy Yateshez, egy teherhajó kapitányához. Kedvenc sportja a baseball.